Redacción
Lunes, 25 de Noviembre de 2013
El puzzle del metagenoma y la supercomputación
La segunda conferencia de la II Semana de la Ciencia en Astorga se titula 'Metagenómica para todos' y la firma el microbiólogo y bloguero Raúl de la Puente, que este martes viene a Astorga a contarnos que la investigación de la metagenómica ha abierto enormes posibilidades en la industria de los biocombustibles, en la producción de fármacos, en la agricultura...Abramos los ojos a esta disciplina. Será a las 20 horas en el Hotel Ciudad de Astorga.
![[Img #6447]](upload/img/periodico/img_6447.jpg)
Astorga Redacción: Menos mal que hemos estudiado griego. Pero ¿cómo harán los bachilleres de la ley Wert? Entonces, sin saber, por el nombre algo sabemos. ¿En qué consiste la Metagenómica? (¿o la ley Wert?).
Raúl de la Puente: Yo griego no llegué más que a estudiar su cultura y arquitectura, pero el latín lo pude dominar el tiempo suficiente para darme cuenta de lo orgulloso que iba a estar (y por tanto lo estoy) de conocer la lengua madre de la que proviene nuestro idioma. Estos nuevos bachilleres deberán empaparse algo de estas llamadas lenguas muertas que tanto se usan en ciencia. Se extrañarán más que nosotros pero, en cuanto crezcan, se darán cuenta de su importancia.
La Metagenómica no es más que el estudio de los genomas de una comunidad de organismos analizados en bloque. Lo normal que se ha podido hacer durante décadas ha sido analizar el genoma (la totalidad de la información genética) de un sólo organismo o sólo partes de ese genoma de una comunidad a la vez. El avance en las tecnologías es clave. Un avance que la política parece no estar muy de acuerdo en que se lleve a cabo (a nuestro pesar). Pero como joven científico, la política me queda lejos de comprender. Necesitaría algunas clases informativas :-P.
A.R:¿Qué interés tiene el análisis de ‘comunidades de microorganismos’? ¿Qué aplicaciones tiene? Aclárenos, por favor, cuál es el interés de las industrias farmacéuticas, biotecnológicas, de biocarburantes, multinacionales agrarias y cómo este interés reportará beneficio a la humanidad ‘total’.
R. de la P.: Los análisis metagenómicos tienen un gran interés que dependerá de la comunidad analizada en cada caso. En Medicina se esta? esperando la consecucio?n del proyecto del Microbioma humano que permitira? conocer ma?s sobre lo que ocurre en el interior de nuestro cuerpo y cuya informacio?n servira? para ayudar a los pacientes con enfermedades asociadas al desequilibrio de esas comunidades. En la industria de los biocombustibles tambie?n la metageno?mica ha generado un gran intere?s, debido a esa informacio?n que proporciona para controlar las comunidades de organismos destinadas a producir estos combustibles para obtener la mayor eficiencia posible. Una muy interesante aplicacio?n es el uso de la informacio?n de los estudios metageno?micos para reconstruir ambientes dan?ados y saber que? organismos beneficiari?an para que un lugar volviera a ser el que fue. Si saltamos al campo biotecnolo?gico ma?s comercial, es obvio que la primera aplicacio?n que viene a la cabeza es la industria farmace?utica. La produccio?n de fa?rmacos obtenidos mediante el cultivo de microorganismos en los fermentadores a gran escala, es totalmente dependiente del buen funcionamiento de la comunidad microbiana en pos del mejor rendimiento para obtener el producto buscado. Ya no so?lo para mejorar los medios de cultivo si no en la bu?squeda de nuevas secuencias que codifiquen productos que interesen. La agricultura tambie?n se beneficia de esta herramienta de ana?lisis en los estudios de los suelos cultivables. El suelo es como un medio de cultivo con comunidades microbianas que mejoran o empeoran las condiciones para el crecimiento vegetal. Esta informacio?n que nos proporcionan los estudios metageno?micos puede ser muy u?til tanto a los pequen?os empresarios como para otras industrias basadas en la agricultura que permitan mejorar los rendimientos.
Como se puede comprobar, esto de la metagenómica es un 'caramelo' tanto para las industrias por sus aplicaciones económicas como para nosotros por ayudarnos a conocer más y mejor nuestro ambiente (externo e interno), cosa que provoca una mejora en la calidad de vida de los seres humanos. Pero no sólo la humanidad puede salir beneficiada, todos los ecosistemas de la faz de la Tierra están en nuestro punto de mira.
![[Img #6446]](upload/img/periodico/img_6446.jpg)
A.R.: ¿Cuál es, en un lenguaje en el que nos pudieras contar para todos, el puzle que se arma partir de las secuencias de genes? ¿Cómo y dónde interviene la ‘supercomputación’?
R. de la P.: La palabra puzle es muy acertada hasta para hacer una explicación comparativa: si se imagina un puzle de un solo color con un dibujo simple y de unas pocas piezas, armarlo sería sencillo con cierta paciencia. Pero si se trata de armar un puzle de varios millones de piezas con diferentes colores y dibujos a lo mejor la paciencia se va a otro lado. El primer caso sería un estudio genómico tradicional y el segundo un estudio metagenómico. La paciencia se puede equiparar al poder computacional: en el primer caso valdría un ordenador normal y una cantidad de tiempo que depende del tamaño del puzle mientras que, en el segundo caso, ese tiempo podría exasperar a cualquiera y por eso se utiliza la supercomputación. En estudios de metagenomas se analizan cantidades de piezas descomunales a la vez y por eso se necesitan 'cerebros' más grandes que ayuden a procesar la información para formar el puzle final.
Astorga Redacción: Menos mal que hemos estudiado griego. Pero ¿cómo harán los bachilleres de la ley Wert? Entonces, sin saber, por el nombre algo sabemos. ¿En qué consiste la Metagenómica? (¿o la ley Wert?).
Raúl de la Puente: Yo griego no llegué más que a estudiar su cultura y arquitectura, pero el latín lo pude dominar el tiempo suficiente para darme cuenta de lo orgulloso que iba a estar (y por tanto lo estoy) de conocer la lengua madre de la que proviene nuestro idioma. Estos nuevos bachilleres deberán empaparse algo de estas llamadas lenguas muertas que tanto se usan en ciencia. Se extrañarán más que nosotros pero, en cuanto crezcan, se darán cuenta de su importancia.
La Metagenómica no es más que el estudio de los genomas de una comunidad de organismos analizados en bloque. Lo normal que se ha podido hacer durante décadas ha sido analizar el genoma (la totalidad de la información genética) de un sólo organismo o sólo partes de ese genoma de una comunidad a la vez. El avance en las tecnologías es clave. Un avance que la política parece no estar muy de acuerdo en que se lleve a cabo (a nuestro pesar). Pero como joven científico, la política me queda lejos de comprender. Necesitaría algunas clases informativas :-P.
A.R:¿Qué interés tiene el análisis de ‘comunidades de microorganismos’? ¿Qué aplicaciones tiene? Aclárenos, por favor, cuál es el interés de las industrias farmacéuticas, biotecnológicas, de biocarburantes, multinacionales agrarias y cómo este interés reportará beneficio a la humanidad ‘total’.
R. de la P.: Los análisis metagenómicos tienen un gran interés que dependerá de la comunidad analizada en cada caso. En Medicina se esta? esperando la consecucio?n del proyecto del Microbioma humano que permitira? conocer ma?s sobre lo que ocurre en el interior de nuestro cuerpo y cuya informacio?n servira? para ayudar a los pacientes con enfermedades asociadas al desequilibrio de esas comunidades. En la industria de los biocombustibles tambie?n la metageno?mica ha generado un gran intere?s, debido a esa informacio?n que proporciona para controlar las comunidades de organismos destinadas a producir estos combustibles para obtener la mayor eficiencia posible. Una muy interesante aplicacio?n es el uso de la informacio?n de los estudios metageno?micos para reconstruir ambientes dan?ados y saber que? organismos beneficiari?an para que un lugar volviera a ser el que fue. Si saltamos al campo biotecnolo?gico ma?s comercial, es obvio que la primera aplicacio?n que viene a la cabeza es la industria farmace?utica. La produccio?n de fa?rmacos obtenidos mediante el cultivo de microorganismos en los fermentadores a gran escala, es totalmente dependiente del buen funcionamiento de la comunidad microbiana en pos del mejor rendimiento para obtener el producto buscado. Ya no so?lo para mejorar los medios de cultivo si no en la bu?squeda de nuevas secuencias que codifiquen productos que interesen. La agricultura tambie?n se beneficia de esta herramienta de ana?lisis en los estudios de los suelos cultivables. El suelo es como un medio de cultivo con comunidades microbianas que mejoran o empeoran las condiciones para el crecimiento vegetal. Esta informacio?n que nos proporcionan los estudios metageno?micos puede ser muy u?til tanto a los pequen?os empresarios como para otras industrias basadas en la agricultura que permitan mejorar los rendimientos.
Como se puede comprobar, esto de la metagenómica es un 'caramelo' tanto para las industrias por sus aplicaciones económicas como para nosotros por ayudarnos a conocer más y mejor nuestro ambiente (externo e interno), cosa que provoca una mejora en la calidad de vida de los seres humanos. Pero no sólo la humanidad puede salir beneficiada, todos los ecosistemas de la faz de la Tierra están en nuestro punto de mira.
A.R.: ¿Cuál es, en un lenguaje en el que nos pudieras contar para todos, el puzle que se arma partir de las secuencias de genes? ¿Cómo y dónde interviene la ‘supercomputación’?
R. de la P.: La palabra puzle es muy acertada hasta para hacer una explicación comparativa: si se imagina un puzle de un solo color con un dibujo simple y de unas pocas piezas, armarlo sería sencillo con cierta paciencia. Pero si se trata de armar un puzle de varios millones de piezas con diferentes colores y dibujos a lo mejor la paciencia se va a otro lado. El primer caso sería un estudio genómico tradicional y el segundo un estudio metagenómico. La paciencia se puede equiparar al poder computacional: en el primer caso valdría un ordenador normal y una cantidad de tiempo que depende del tamaño del puzle mientras que, en el segundo caso, ese tiempo podría exasperar a cualquiera y por eso se utiliza la supercomputación. En estudios de metagenomas se analizan cantidades de piezas descomunales a la vez y por eso se necesitan 'cerebros' más grandes que ayuden a procesar la información para formar el puzle final.
